「開業すれば年収はどれくらい上がるのだろうか」と気になる医師の方も多いのではないでしょうか。
開業医は勤務医より高収入というイメージがありますが、実際の年収は診療科目や立地、経営状況によって大きく異なります。また、クリニックの売上がそのまま院長の収入になるわけではありません。
この記事では、開業医の平均年収や勤務医との違い、年収を考えるうえで押さえておきたいポイントについて解説します。
開業医の平均年収はいくら？ 勤務医との比較
一般的に開業医は勤務医より高収入といわれていますが、その理由には収入構造の違いがあります。まずは開業医と勤務医の年収の目安を比較しながら、収入の仕組みについて見ていきましょう。
開業医の平均年収
開業医の年収を知るうえで参考になるのが、厚生労働省の「医療経済実態調査」です。
令和7年に実施された調査によると、医師が個人で経営する診療所の平均損益差額は、令和6年度で約2,631万円でした。（新型コロナウイルス感染症関連の補助金を除く）
損益差額とは、「診療所の収益から人件費や医薬品費などの費用を差し引いた金額」です。
ただし、損益差額には院長自身の収入に相当する部分のほか、設備の更新など、診療所の経営を続けるために必要な資金も含まれます。そのため、約2,631万円すべてが院長個人の収入になるわけではありません。
また、実際の収入は診療科目や地域、経営状況などによって異なるため、一つの目安として捉えましょう。
出典：厚生労働省「第25回医療経済実態調査報告（令和7年実施）」607ページ、一般診療所（個人（青色申告者を含む））（集計2）
勤務医の平均年収
勤務医の平均年収は、勤務先の規模や施設形態、役職などによって異なります。
厚生労働省の「第25回医療経済実態調査」によると、令和6年度の一般病院に勤務する医師の平均年収は約1,485万円でした。
毎月安定した給与を受け取れる利点がある一方、どれだけクリニックの利益が増えても自身の給与に直接反映されにくいため、収入には一定の上限があります。
これに対し、開業医は経営リスクを負う代わりに、クリニックの業績向上をダイレクトに自らの所得へつなげられます。この構造の違いこそが、両者の年収差を生む大きな要因です。
出典：厚生労働省「第25回医療経済実態調査の概要」19ページ
売上（医業収入）と年収（所得）の違い
開業時に最も注意すべきなのは、「売上」と「年収」を混同しないことです。
たとえば年間の医業収入が1億円あっても、そのすべてが院長の収入にはなりません。そこからスタッフの人件費、医薬品の仕入れ、テナント料、医療機器のリース料などの必要経費を差し引いた金額が、事業所得となります。
さらに、実際に手元に残る資金を考える際には、開業ローンの返済や税金の支払いなども考慮する必要があります。
つまり、どれだけ売上が大きくても、経費負担が重ければ手元に残る資金は少なくなります。
開業後の収入を正しく見極めるためには、売上の規模だけでなく、所得や手元に残る資金を把握する経営的な視点が不可欠です。
開業医の年収を左右する3つの要因
同じ医師でも、診療科目や開業形態、地域によって収益構造は大きく異なります。
ここでは、開業後の年収に大きな影響を与える3つの要因を確認しましょう。
要因①診療科目の違い
開業後の年収に最も大きな影響を与える要因の一つが「診療科目」です。
診療科目によって、保険診療と自由診療の割合や患者1人あたりの診療単価、必要な設備投資などが異なります。
たとえば、内科や小児科などは保険診療が中心となる一方、美容皮膚科など自由診療を主体とするクリニックでは、医療機関が独自に診療価格を設定できます。ただし、自由診療では集患や広告宣伝などの費用も考慮する必要があるでしょう。
また、整形外科や眼科などは、専門的な医療機器の導入によって初期投資がかさむ場合があり、こうした設備投資の負担も収益に影響します。
実際に、厚生労働省の「第25回医療経済実態調査報告」によると、令和6年度の一般診療所（個人・入院診療収益なし）の平均損益差額は、診療科目によって以下のような違いが見られます。
| 診療科目 | 平均損益差額 |
|---|---|
| 内科 | 約2,459万円 |
| 小児科 | 約3,726万円 |
| 外科 | 約2,756万円 |
| 整形外科 | 約3,061万円 |
| 眼科 | 約3,602万円 |
| 皮膚科 | 約1,672万円 |
※新型コロナウイルス感染症関連の補助金を除いた金額
出典：厚生労働省「第25回医療経済実態調査（医療機関等調査）報告」149〜151ページ
上記のように、診療科目によって平均損益差額には差があり、今回の調査では小児科が比較的高い水準となっています。
ただし、損益差額は院長個人の年収そのものではなく、診療所の規模や経営状況などによっても異なるため、あくまで目安として捉えることが大切です。
要因②開業スタイルの違い
開業スタイルによって必要な資金や借入額は大きく異なります。たとえば、戸建て開業は自由度が高い反面、土地取得費や建築費などの負担が大きくなりがちです。一方、ビル診療は初期投資を抑えやすく、承継開業は既存の患者基盤を活用できるという特徴があります。
主な違いをまとめると、以下の通りです。
| 開業スタイル | 特徴 | 初期投資 | 年収への影響 |
| 戸建て開業 | 土地や建物を含めて自由に設計できる | 高い | 借入額が大きくなりやすく、開業当初は返済負担が所得を圧迫する場合がある |
| ビル診療（テナント開業） | 比較的少ない資金で開業しやすい | 比較的低い | 初期負担を抑えやすく、早期に収益化しやすい傾向がある |
| 承継開業 | 既存の患者や設備を引き継げる | ケースによる | 開業直後から一定の売上を確保しやすく、経営を軌道に乗せやすい |
たとえ同じ売上であっても、借入返済額や固定費によって手元に残る所得は変わります。
要因③地域性と競合の多さ
クリニックを展開するエリアの選択も、年収に直結する重要な要素です。
都心部などの「都市型」開業は、人口が多くターゲットは豊富ですが、競合も無数に存在します。激しい患者の奪い合いとなるため、広告宣伝費を投じ続けなければ集患を維持できないケースも少なくありません。
対照的に、郊外などの「地方型」開業は競合が少ないため、地域密着の信頼関係を築ければ安定した集患が見込めます。過度な広告費がかからず利益率が高くなりやすいメリットがある一方、人口減少が進む地域では将来的な患者数減少のリスクも考慮する必要があります。
医師が開業後に安定した収入を得るためのポイント
開業医として長期的に安定した所得を確保するために、意識しておきたい3つのポイントをみていきましょう。
収支を定期的に確認する
開業医には「経営者」としての視点が求められます。
具体的には、毎月の売上と経費のバランスをリアルタイムで把握する習慣が必要です。どんぶり勘定のまま経営を続けていると、「患者数は増えているのに、なぜか手元の現金が残っていない」というキャッシュフローの悪化を招きかねません。
診療報酬の入金サイクルと、経費・給与の支払期日を正しく把握し、毎月の収支をモニタリングすることが安定した収入に繋がります。
税金や資金繰りを見据えて経営する
開業医の年収が上がると、それに比例して所得税や住民税などの税負担も急激に重くなります。日本の所得税は累進課税制度を採用しているため、個人事業主のまま利益を出し続けると、最高で約55%の税率が課されてしまいます。
手元に残るキャッシュを最大化するためには、適切なタイミングでの「医療法人化」の検討や、必要経費の正しい計上といった税金対策が欠かせません。
ただし、過度な節税対策のために無駄な設備投資や物品購入を行うと、今度は手元のキャッシュ（運転資金）が枯渇し、黒字倒産のリスクを高めてしまいます。
税金と資金繰りのバランスを常に先読みする経営感覚を磨く必要があるのです。
経営判断を相談できる専門家を持つ
開業医は医療の専門家であっても、税務や会計、資金調達の専門家ではありません。
診療に集中しながら安定した経営を続けるために、信頼できる専門家のサポートを受けることも検討してみましょう。
特に医療業界に詳しい会計事務所であれば、税務申告だけでなく、資金繰りや節税対策、将来の設備投資計画などについても相談できます。また、経営状況を定期的に分析してもらうことで、問題が大きくなる前に改善策を講じやすくなります。
まとめ
医師の開業は、勤務医時代の約2倍近い年収を目指せる魅力的な選択肢です。しかし、その高年収は、クリニックの安定した経営と綿密な資金計画があって初めて成立します。
リスクを背負って開業するからこそ、数字に裏付けされた健全なクリニック運営を目指しましょう。
当Progress会計事務所では、医療経営におけるシビアなキャッシュフロー管理や、手元に残るキャッシュを最大化するための財務サポートを行っています。将来的な開業を見据えている先生や、現在の資金繰りに不安を抱えている先生は、ぜひ一度お気軽にご相談ください。